Στον τομέα των Μεταφορών συγχρηματοδοτούνται έργα υποδομών επί του Διευρωπαϊκού Δικτύου Μεταφορών (σιδηροδρομικά, οδικά, λιμενικά, αεροδρόμια), καθώς και δράσεις υποστήριξης των συνδυασμένων μεταφορών, βελτίωσης της ασφάλειας και εκσυγχρονισμού του συστήματος μεταφορών. Επίσης, σημαντικοί πόροι αξιοποιούνται για την ολοκλήρωση έργων καθαρών αστικών μεταφορών (κυρίως ΜΕΤΡΟ) στα δύο κύρια αστικά κέντρα της χώρας (Αθήνα και Θεσσαλονίκη).
Συγκεκριμένα, στον Τομέα Μεταφορών συγχρηματοδοτούνται έργα των εξής κύριων θεματικών ενοτήτων/ομάδων έργων:
• Σιδηροδρομικά Έργα
• Οδικά Έργα
• Λιμενικά Έργα και Έργα Ασφάλεια Ναυσιπλοΐας
• Έργα Αεροδρομίων και Έργα Ασφάλειας Αεροναυτιλίας
• Μετρό / Καθαρές Αστικές Μεταφορές
